Элодея канадская имеет длинные стебли, которые хорошо ветвятся и растут стремительно за краткие сроки. Иногда их длина достигает 2 метра. Изначально плавающий стебель запросто укореняется в почве, пуская длинные ризоиды длиной 35-40 см. Корни отсутствуют, но стебельки растения весьма длинные и тонкие, на них есть продолговато-линейные листья, которые размещены мутовчато, по три листка в каждой мутовке.Окрас листьев ярко-зеленый, полупрозрачный. Форма листьев может быть разной: заостренной, курчавой, линейно-ланцетной или яйцевидно-продолговатой. На макушках стебелька листья обычно более светлые, нежели снизу. Женские и мужские цветки находятся на разных особях. Женские цветки с виду маленькие и одиночные, имеют 6 лепестков (3 внутренние и 3 внешние). Цветоножки продолговатые и нитиевидные. Когда цветоножка достигает поверхности воды, цветки распускаются. У мужских цветков есть 9 сидячих пыльников, которые в период цветения отрываются от материнского куста.