Рисовая шелуха может сохранять возбудителей болезней, которыми были поражены растения риса. Это прежде всего грибы родов Фузариум, Ризоктония и Альтернария, которые могут вызывать корневую гниль растений в теплице. Кроме того, шелуха может быть источником бактериальных и вирусных болезней.